Ab 1070 kam es unter den Welfen zu einem kurzzeitigen Wiedererstarken der

Der Niedergang der Karolinger ermöglichte ein Wiederaufleben der Eigenständigkeit der bayerischen Herzöge im „jüngeren Stammesherzogtum“.

Der Streit mit den Ottonen führte zu erneuter Abhängigkeit vom deutschen Königtum: 976 wurde Herzog Heinrich „der Zänker“ von seinem Vetter, dem römisch-deutschen König und Kaiser Otto II., nach einem gescheiterten Aufstand abgesetzt; Bayern verlor – u. a. durch die Errichtung des Amtsherzogtums Kärnten mit seinen italienischen Marken – fast die Hälfte seines Territoriums.

Ab 1070 kam es unter den Welfen zu einem kurzzeitigen Wiedererstarken der Macht der bayerischen Herzöge, bis der Streit zwischen Welfen-Herzog Heinrich dem Löwen und deutschem König Friedrich Barbarossa aus dem Geschlecht der Staufer 1180 mit dem Sturz Heinrichs endete: Weite Teile der ehemaligen Marcha orientalis bzw. Ostarrîchis – zu einem erheblichen Teil das Gebiet des heutigen Österreichs – wurde von Bayern abgetrennt, das Herzogtum Steiermark wurde errichtet, das restliche Bayern erhielt der bisherige Pfalzgraf Otto I. aus dem Geschlecht der Wittelsbacher als neuer Herzog verliehen. Damit endete auch die Geschichte des „jüngere Stammesherzogtums“.

Von 1180 bis 1918 wurde Bayern als Territorialherzogtum von den Wittelsbachern regiert. In dieser Zeit erlebte Bayern eine Periode zahlreicher Teilungen in Einzelherzogtümer, die erst durch das Primogeniturgesetz von 1506 ein Ende fanden.

In der Gegenreformation nahm Bayern eine führende Stellung ein und ging aus dem Dreißigjährigen Krieg mit Gebietsgewinnen und 1623 mit dem Aufstieg zum Kurfürstentum hervor.

Während des Spanischen und des Österreichischen Erbfolgekrieges wurde das absolutistische Bayern jeweils von Österreich vorübergehend besetzt.